双方意愿：申请人和受益人作为保函的主要利益相关方，若基于自身利益考虑和实际业务情况，经协商达成一致，就可以对保函期限进行调整。例如，申请人希望缩短保函期限以减少担保责任时间，而受益人在评估风险后也同意，那么就可以进行相应调整。
预付款金额调整：当预付款金额发生变化，可能影响保函风险和期限合理性，双方可协商调整期限。比如预付款金额增加，受益人可能要求延长保函期限以保障资金。
协商的一般流程
提出协商：由申请人或受益人根据实际情况，向对方提出关于预付款保函期限协商的请求，并说明理由。
双方沟通：申请人与受益人就保函期限调整的具体事宜进行沟通和协商，各自阐述利益诉求和考虑因素，寻求双方都能接受的解决方案。
达成一致：经过协商，双方就保函期限达成一致意见后，形成书面的协议或补充协议。
通知担保人：双方将协商一致的结果通知开立保函的银行或担保机构，由其审核并办理相关的保函期限调整手续。
从常见商业实践看
在实际商业活动中，预付款保函期限超过预付款使用期限是较为常见的做法。一般会根据合同的整体期限、项目的复杂程度等因素来综合确定保函期限。比如在一些大型设备采购项目中，预付款使用期限可能在设备生产阶段，但保函期限通常会延长至设备交付后的一定质保期内，以保证在整个交易过程中受益人的权益都能得到有效保障。