办理流程
一、保函申请
1申请人填写开立保函申请书或开立保函合同；
2申请人提交保证金或其他反担保；
3申请人提交合同相关的基础材料；
4.申请人提交银行要求的其他相关开立保函所必需的材料。
二、保函审核及开出
1银行对客户资格、基础交易、相关材料进行审查；
2银行对客户的保证金或授信额度等抵押情况进行落实；
3银行审核保函的书面申请及保函格式；
4保函开出。
开立银行
a.因为预付款保函的保证人即开立保函的银行承担的是性、直接的付款责任，所以我们要求出具保函的银行应是国际流的，信誉好的大银行，只有这样买方的利益才能得到保障。
b.出具保函的银行要和买方的转递银行或往来银行有代理关系，以便买方银行核对印鉴或密押以确定保函的真伪。
生效条件
通常情况保函应是一开出就生效的，但在实际业务中，我们经常收到有条件生效的保函，例如有的保函以开立银行收到买方预付款或卖方收到买方预付款的书面确认后才正式生效，这样的条件我们是不能接受的。如果买方付款后，由于各种原因（例如卖方未书面确认）保函不能生效，而卖方又不能按合同规定履行其交货义务，那买方就不能凭保函保障自己的利益。保函也就失去其“承担责任"的意义。
预付款保函，其实是履约保函的一种，名称特指预付款而已；有些工程，甲方会预先支付施工单位的开工预付款，但是担心施工单位拿钱不办事，甚至卷款而逃，此时就需要提供预付款保函对甲方的利益进行保障。
预付款保证担保是指由保证人为施工方向业主提供的，保证人对施工方履行扣还预付款义务的保证。以防止施工方在收到业主的预付款后将款项挪作他用或宣布破产等。当施工方在规定的时间内还清预付款项后，业主就需退还预付款保函。
预付款保函的作用作用：担保人向业主开具预付款保函后，业主才能根据合同规定，按合同总价的10%～15%（具体按照双方协议）预付给承包人，以便中标人购买有关设备材料等。其责任主要是承包商应在规定的期限内偿还预付款。预付款保函的期限由双方共同商定。预付款一般逐月按工程进度从工程支付款中扣还，而预付款保函的金额将逐月地相应减少，开具保函时应注意写明。预付款是有正反作用的，好的一面是，当施工单位拿到预付款，会更积极的开展工作，而且由于不垫资，不存在资金断裂的风险，从而更保障工程的顺利建设；坏的一面是，如果施工单位心态不好，觉得反正钱已经进口袋了，做事就开始变形，拖拖拉拉甚至找理由要更多的钱。
总结：预付款保函就是甲方为了防止乙方拿了预付款不干活而找银行做出的一种担保，一旦乙方违约，甲方就可以拿着预付款保函找银行赔偿。
预付款保函在国际承包业务中使用时，是由承包人通过银行向业主提供。保证书规定，如申请人不履行他与受益人订立的合同的义务，不将受益人预付、支付的款项退还或还款给受益人，则由银行向受益人退还该款项。
预付款保函除在国际工程承包项目中使用外，也适用于货物进出口、劳务合作和技术贸易等业务。例如，在成套设备及大型交通工具的合同中，通常采用带有预付性质的分期付款或延期付款支付部分价款。在这种交易中，进口人在签订合同后，向出口人开立履约保证书，由银行保证进口人按合同规定按期支付价款，同时，出口人也向对方开立还款保证书。如出口人不能按期交货，银行保证及时偿还进口人已付款项的本金及所产生的利息。